قد تحدث بعض المضاعفات إذا ترك خراج الأسنان دون علاج. وبالرغم من أن المضاعفات ليس من ضمنها السرطان ولكنها تعتبر ايضا مضاعفات خطيرة، ومنها إنتقال عدوي الخراج إلي خارج الخراج نفسه مسببة إنتقال العدوي إلي عظام الفك والفم كله. وهذا ما يجعل المريض يعاني من درجة حرارة الجسم المرتفعة، والألم الشديد في العظام المصابة، وربما الغثيان. كذلك قد يؤدي انتشار البكتيريا إلي تجلط الدم الذي يتشكل في الجيب الكهفي وهو وريد كبير في قاعدة الدماغ مما يؤثر علي الجيوب الأنفية. كما قد يسبب تطور الخراج إلي بعض أمراض الصدر والذبحات الصدرية وضيق التنفس . وفي حالة تطور البكتيريا بأي شكل من الأشكال يجب تناول المضادات الحيوية الصحيحة للسيطرة علي الخراج وتطوراته .